目的変数に欠損値はあってもよいでしょうか？

目的変数に欠損値があると、学習や検証時に精度の計算ができません。欠損値があるような場合には、その行を学習データや検証データから削除いただく必要があります。

時系列データの場合には、インデックス列の日付データとして連続していることが必要ですので、過去の値を用いるなどして、欠損値を埋めていただく必要があります。